公元2015年，继“第二次冲击”之后，世界又面临着新的威胁。
恐怖的入侵者们大肆屠灭人类，它们是一种似人的巨大机械战斗群，所到之处简直是一片炼狱，幸存下来的人们终日在惶惶不安中度过，并将入侵者称为”使徒”——上帝派来的使者。
人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此，nerv组织以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”。
这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制eva。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶eva，驾驶人选一直是nerv最头疼的地方。
nerv分部——d国基地
数百名身着白色制服的研究人员正在忙碌着，当一切准备妥当之后，他们看着屹立在眼前的红色作战装甲——eva二号机，眼中露出了灼热的光芒。
“冷却完毕。”
“完成右手腕重新固定”
“机体内所有接触无误”
“停止信号，插头已经排出开放脊椎传导系统”
“准备连接开始第一次接触”
eva二号机，这座人形作战机甲有近百米的高度，从任何角度看上去都足以震撼人心。
驾驶中有一名少女，她叫明日香，是一个混血儿，一头金黄色的长发，穿着红色战斗服，精致的脸庞，略带妩媚。
她今年只有十四岁，便从球数亿人口中脱颖而出，成为与eva二号机适配程度最高的准驾驶员。
她脸上并没有多少紧张的神色，随着考核的推进，双眸越来越亮“能够从这么多人之中成为eva的操纵者，然后与使徒战斗将它打败，而借此得到大家认同的话，这就是我最幸福的事。”
“母亲，你会支持我的，对么？”
明日香与二号机渊源颇深，她的母亲惣流?今日子?齐柏林是eva计划d国分部的科学家。
当她4岁时，今日子参加了的二号机的连结实验，虽然从实验中存活下来，但是却发疯了。
今日子将明日香的娃娃当作是自己的女儿，而拒绝承认明日香才是自己的女儿，最后上吊自杀身亡，这件事给明日香幼小心灵造成了极大的打击，她性格傲娇好胜却又非常脆弱，没有安感。